ডি ইউ। রায়জান্তসেভ, ই। এম। চুদিনোভা, এল ইউ। কোকাইভা, এস। এন। এলানস্কি, পি। এন। বালাবকো, জি। এল। বেলোভা, এস কে। জাভরিভ
ফাইটোপ্যাথোজেনিক ছত্রাক কোলেটোত্রিকাম কোকোডসের ফলে আলু এবং টমেটোতে অ্যানথ্রাকনোজ এবং কন্দের কালো দাগ হিসাবে পরিচিত বিপজ্জনক রোগ হয়। রূপচর্চা বৈশিষ্ট্য দ্বারা, তারা অন্যান্য অণুজীবের দ্বারা সৃষ্ট রোগ থেকে পৃথক করা প্রায়শই কঠিন; সবুজ টমেটো ফলের উপর, এই রোগটি অসম্পূর্ণ হতে পারে, কেবল পাকা লাল ফলগুলিতেই প্রকাশ পায়। প্যাথোজেনের দ্রুত এবং নির্ভুল নির্ণয়ের জন্য, একটি রিয়েল-টাইম পিসিআর পরীক্ষা ব্যবস্থা দেওয়া হয়। একটি পরীক্ষা ব্যবস্থার বিকাশের জন্য, রাশিয়ার বিভিন্ন অঞ্চলে আলুর কন্দ থেকে বিচ্ছিন্ন গ্লিসারল ট্রাইফোসফেট ডিহাইড্রোজেন জিনের নিউক্লিওটাইড ক্রম নির্ধারণ করা হয়েছিল।
জেনব্যাঙ্ক ডাটাবেসে পাওয়া অন্যান্য প্রজাতির অনুরূপ ক্রমগুলির প্রাপ্ত ফলাফল এবং বিশ্লেষণের ভিত্তিতে, প্রজাতি-নির্দিষ্ট প্রাইমার এবং সি কোকোডগুলির জন্য অনুসন্ধান নকশা করা হয়েছিল। তৈরি টেস্ট সিস্টেমের স্বাতন্ত্র্য পরীক্ষা করার জন্য, টমেটো এবং আলুর গাছের সাথে সম্পর্কিত 15 টি বিভিন্ন প্রজাতির পরজীবী এবং স্যাপ্রোট্রফিক ছত্রাকের শুদ্ধ সংস্কৃতি থেকে বিচ্ছিন্ন ডিএনএ দিয়ে পিসিআর চালানো হয়েছিল (ফুসারিয়াম অক্সিস্পারাম, এফ ভার্টিসিলিয়াম, ফোমোপিস ফেজোলি, আল্টনারিয়া আল্টারনেটা, হেল্মিনথোস্পোরিয়াম সোলনিস্টোলোসটস ফেলিনাস ফেরুগিনোভেলুটিনাস, স্টেফিলিয়াম ভ্যাসিকারিয়াম, হেল্মিন্থস্পোরিয়াম সোলানি, ফোমপসিস ফেজোলি, নিউওনেক্ট্রিয়া রেডিকিকোলা, রিজোকটনিয়া সোলানি, পেনিসিলিয়াম এসপি। কোলেটোত্রিকাম কোকোড ডিএনএর উপস্থিতি 20-27 এর একটি চৌম্বকীয় চক্রে নির্ধারিত হয়েছিল, অন্য 40 টি চক্রের পরেও সনাক্ত করা হয়েছিল বা সনাক্ত করা যায়নি। পরীক্ষা পদ্ধতিটি বিশ্লেষণযোগ্য পিসিআর মিশ্রণে 0.01 এনজি / এমএম 3 এর বেশি সি কোকোড ডিএনএ ঘনত্বকে নির্ভরযোগ্যভাবে সনাক্ত করতে সক্ষম করে। উন্নত পরীক্ষা পদ্ধতি ব্যবহার করে, ছত্রাকজনিত রোগের লক্ষণ সহ টমেটো পাতাগুলিতে এবং আলুর কন্দগুলিতে রোগের বাহ্যিক লক্ষণ ছাড়াই সি কোকোডের উপস্থিতি তদন্ত করা হয়েছিল। ক্রেস্টনোদার অঞ্চল, কন্দ - কোস্ট্রোমা, মস্কো, কালুগা, নিঝনি নভগোড়োদ অঞ্চলগুলির ক্ষেত্রগুলি থেকে - দুটি ছত্রাকের সংক্রমণের লক্ষণযুক্ত পাতাগুলি সংগ্রহ করা হয়েছিল। সি ককোডস ডিএনএযুক্ত একটি টমেটো পাতা পাওয়া গেল ক্র্যাসনোদার টেরিটরিতে; এই প্যাথোজেনের ডিএনএর উল্লেখযোগ্য উপস্থিতি কোস্ট্রোমা, মস্কো, কালুগা অঞ্চলে জন্মানো টিস্যুর 5 টি নমুনায় ধরা পড়ে।
ভূমিকা
কোলেটোট্রিচাম প্রজাতির মাশরুম সিরিয়াল, শাকসব্জী, গুল্ম, বহুবর্ষজীবী ফল এবং বেরি গাছগুলিকে প্রভাবিত করে এমন বিপজ্জনক ফাইটোপ্যাথোজেন। এই জিনাসের সর্বব্যাপী একটি প্রজাতি, কোলেটোত্রিকাম কোকোডস (ওয়ালার)।
হিউজ হ'ল অ্যানথ্রাকনোজ এবং আলু এবং টমেটো কালো দাগের কার্যকারক এবং এটি সোলানাসেই পরিবারের অন্যান্য অনেক গাছের রোগের কারণ,। আগাছা (ডিলার্ড, 1992)। সি কোকোড গাছের সমস্ত ভূগর্ভস্থ অংশ, স্টেম বেস, পাতা এবং ফলগুলি সংক্রামিত করে (অ্যান্ড্রিভন এট আল।, 1998; জনসন, 1994)। সংক্রামিত আলুর কন্দের খোসার উপর, অনির্দিষ্টভাবে উচ্চারণ করা প্রান্তগুলির সাথে ধূসর দাগগুলির বিকাশ লক্ষ্য করা যায়, যার উপরে স্পোরুলেশন এবং মাইক্রোস্ক্লোরোটিয়া কালো দাগগুলি স্পষ্টভাবে দৃশ্যমান হয়। স্টোরেজ চলাকালীন, নরম কন্টেন্টযুক্ত আলসারগুলি কন্দগুলির সজ্জার মধ্যে গঠন করতে পারে, যেমন। এই রোগটি অ্যানথ্রাকনোজ পর্বে প্রবেশ করে, যা অত্যন্ত বিরল।
একই সময়ে, অ্যান্ট্রাকনোজ (ছোট কালো বিন্দাসহ ত্বকের আলসার) লক্ষণগুলি টমেটো ফলের ক্ষেত্রে সাধারণত are পাতায়, সি কোকোডের লক্ষণগুলি গা dark় বাদামী দাগ হিসাবে দেখা দেয়, সাধারণত হলুদ টিস্যুতে আবদ্ধ হয় (জনসন, 1994)।
কন্দগুলিতে কালো দাগের বিকাশ তাদের চেহারা লুণ্ঠন করে, যা ধোয়া লাল-খোসা আলু বিক্রি করার সময় বিশেষত উচ্চারিত হয়। খোসার এক্সফোলিয়েশন অতিরিক্ত বাষ্পীভবন এবং স্টোরেজ ক্ষতির দিকে নিয়ে যায় (ক্ষুধা, ম্যাকইন্টিয়ের, 1979) অন্যান্য উদ্ভিদ অঙ্গগুলির ক্ষতির ফলে ফলন হ্রাস হয়, যা উন্মুক্ত এবং বন্ধ উভয় স্থানেই লক্ষ্য করা গিয়েছিল (জনসন, 1994; সেরর এট আল।, 1999)। সি কোকোডজনিত রোগগুলি রাশিয়া সহ বিশ্বের প্রায় সব আলু উত্পাদনকারী অঞ্চলে প্রচলিত (লিসা, হিল্টন, 2003; বেলভ এট আল, 2018)। সি কোকোডের বিরুদ্ধে বিদ্যমান ছত্রাকনাশকের অপর্যাপ্ত কার্যকারিতা এবং প্রতিরোধী জাতগুলির অভাব (পড়ুন, লুকান, 1995) এর কারণে এই রোগগুলির নিয়ন্ত্রণ করা কঠিন।
সি কোকোডস ইনোকুলাম বীজ কন্দ ধরে রাখতে পারে (পড়ুন, হাইড, 1988; জনসন এট আল।, 1997), টমেটো বীজ (বেন-ড্যানিয়েল এট আল।, 2010), গাছের ধ্বংসাবশেষে মাটিতে দীর্ঘকাল বেঁচে থাকতে পারে (ডিলার্ড, 1990 ; ডিলার্ড, কোব, 1993) এবং আগাছায় (রেড, পেনিপ্যাকার, 1987)। বেশ কয়েকটি লেখক (পড়ুন, লুকান, 1988; বারডডল, ডেভিস, 1992; জনসন এট আল।, 1997; দিলার্ড, কোব, 1993) দেখিয়েছেন যে আলু এবং টমেটোতে এই রোগের বিকাশ মূলত বীজের ইনোকুলামের উপস্থিতির উপর নির্ভর করে এবং মাটি. সুতরাং, রোগ থেকে ক্ষতির পরিমাণ হ্রাস করার জন্য, বীজ উপাদানগুলিতে ছড়িয়ে ছিটিয়ে থাকা বীজ আলুর কন্দ এবং টমেটো বীজগুলিতে সঞ্চয় করার জন্য ছড়িয়ে ছিটিয়ে থাকা ছত্রাকের বংশ নির্ণয় করা উচিত (পরিমাণগত সহ) is মাটি এবং উদ্ভিদ উপাদানগুলিতে রূপক ডায়াগনস্টিকগুলি কেবল মাইক্রোস্ক্লেরোটিয়ার উপস্থিতি দ্বারা বাহিত হতে পারে, তবে এটি অন্যান্য ধরণের ছত্রাকের মধ্যেও পাওয়া যায়।
কন্দের লক্ষণগুলি ছত্রাকের হেল্মিন্থস্পোরিয়াম সোলানির কারণে সিলভার স্ক্যাবের সাথে খুব মিল। খাঁটি সংস্কৃতিতে কোলেটোত্রিকাম কোকোডস এবং হেল্মিনথোস্পরিয়াম সোলানিকে বিচ্ছিন্ন করা বরং কঠিন এবং পুষ্টিকর মাধ্যমের ধীর বৃদ্ধির কারণে এটি দীর্ঘ সময় নেয়। কোলেটোট্রিচাম কোকোডগুলি দ্রুত সনাক্ত করতে, উপকরণ সংক্রান্ত ডায়াগনস্টিক পদ্ধতি ব্যবহার করা প্রয়োজন। সর্বাধিক সুবিধাজনক পদ্ধতি হ'ল পলিমারেজ চেইন বিক্রিয়া (পিসিআর) এবং এর পরিবর্তন - রিয়েল-টাইম পিসিআর। বর্তমানে, আরডিএনএর আইটিএস 2002 অঞ্চলের জন্য ব্রিটিশ গবেষকরা (কুলেন এট আল।, 1) দ্বারা বিকাশ করা একটি পরীক্ষা ব্যবস্থা ইউরোপ এবং মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে ব্যবহৃত হয়। এর ব্যবহার রাশিয়ান বিচ্ছিন্নতার বিশ্লেষণে ভাল ফলাফল দেখিয়েছে (বেলভ এট আল, 2018)। তবে সি কোকোডগুলি অত্যন্ত পরিবর্তনশীল এবং একক ডিএনএ ক্রম থেকে এটি সনাক্তকরণ মিথ্যা নেতিবাচক ফলাফলের দিকে নিয়ে যেতে পারে। আরও নির্ভরযোগ্য নির্ণয়ের জন্য, কয়েকটি প্রজাতি-নির্দিষ্ট ডিএনএ অনুক্রম বিশ্লেষণ করা প্রয়োজন, যার সাথে আমরা একটি মূল পরীক্ষা পদ্ধতি তৈরি করেছি যা আমাদের গ্লিসারালডিহাইড -3-ফসফেট ডিহাইড্রোজেন জিনের অনুক্রমের মাধ্যমে সি কোকোডগুলি সনাক্ত করতে দেয় allows
উপকরণ এবং পদ্ধতিসমূহ
তৈরি টেস্ট সিস্টেমের কার্যকারিতা এবং নির্দিষ্টতা নির্ধারণের জন্য, আমরা টমেটো পাতা এবং ফল, আলুর কন্দ (টেবিল 15) এর রোগাক্রান্ত নমুনাগুলি থেকে লেখক দ্বারা বিচ্ছিন্ন 1 প্রজাতির ছত্রাকের বিশুদ্ধ সংস্কৃতি ব্যবহার করেছি। বিচ্ছিন্নতার জন্য, ছত্রাকের সংক্রমণের লক্ষণগুলির সাথে উদ্ভিদের অঙ্গগুলি নেওয়া হয়েছিল, প্রতি গুল্মে একের বেশি অঙ্গ নেই।
একটি খোসা, একটি টমেটো ফলের টুকরো এবং একটি আক্রান্ত পাতা একটি বাইনোকুলার মাইক্রোস্কোপের নীচে স্থাপন করা হয়েছিল, যার পরে মাইসেলিয়াম, স্পোরস বা টিস্যুর টুকরোটি একটি তীক্ষ্ণ বিচ্ছুরিত সূঁচ দিয়ে পেট্রি থালায় একটি আগার মাঝারি (ওয়ার্ট আগর) স্থানান্তরিত করা হয়েছিল। বিচ্ছিন্নতাগুলি টেগ টিউবে 4 ডিগ্রি সেন্টিগ্রেডে আগর স্লেণ্টে সংরক্ষণ করা হয়েছিল
সংগ্রহের পরে অবিলম্বে বিশ্লেষণের উদ্দেশ্যে ছত্রাকজনিত রোগের লক্ষণগুলির সাথে টমেটো পাতার উদাহরণ (জমিতে) the০% ইথাইল অ্যালকোহলে রাখা হয়েছিল যেখানে তারা ডিএনএ বিচ্ছিন্ন হওয়া পর্যন্ত সংরক্ষণ করা হয়েছিল। আলু কন্দগুলি পরীক্ষাগারগুলিতে বিতরণ করা হয়, সেগুলি থেকে খোসা (70 × 2 সেমি টুকরা) করে এবং –1 ° at তে হিমায়িত হয় ডিএনএ বিচ্ছিন্ন হওয়া অবধি জমাটবদ্ধ।
ডিএনএ বিচ্ছিন্নতার জন্য ছত্রাকের বিশুদ্ধ সংস্কৃতিগুলি তরল মটর মাধ্যমের মধ্যে জন্মেছিল। ছত্রাকের মাইসেলিয়াম তরল মাধ্যম থেকে সরানো হয়েছিল, ফিল্টার পেপারে শুকানো হয়, তরল নাইট্রোজেনে হিমায়িত করা হয়, সিটিএবি বাফারে ইনকিউবেটেড, ক্লোরোফর্ম দিয়ে শুদ্ধ করা হয়, আইসোপ্রোপানল এবং 0.5 এম পটাসিয়াম অ্যাসিটেটের মিশ্রণে ছড়িয়ে পড়ে এবং 2% অ্যালকোহল দিয়ে দুবার ধুয়ে ফেলা হয়। ফলস্বরূপ ডিএনএ ডিওনাইজড জলে দ্রবীভূত হয়ে –70 ° С (কুতুজোভা এট আল।, 20) এ সংরক্ষণ করা হয়েছিল। ডিবিএ ঘনত্ব Qubit 2017 (কিয়াজেন, জার্মানি) এর ডাবল স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএর জন্য এইচএস ডিএনএ কোয়ান্টিফিকেশন কিট ব্যবহার করে পরিমাপ করা হয়েছিল। অ্যালকোহলযুক্ত এবং হিমশীতল নমুনাগুলি তরল নাইট্রোজেনে ট্রিচুরেটেড ছিল, তারপরে ডিএনএ বিচ্ছিন্নতা অনুসারে উপরে বর্ণিত (শুদ্ধ ছত্রাক সংস্কৃতির মাইসেলিয়ামের জন্য)।
সারণি 1. ব্যবহৃত ছত্রাকের স্ট্রেনের উত্স
মাশরুমের নাম | উদ্ভিদ, অঙ্গ | নির্বাচনের স্থান |
---|---|---|
কোলেটোট্রিচাম কোকোডস 1, সি। কোকোড 2, সি কোকোডস 3, ইলিয়োনেক্টরিয়া ক্র্যাসা, রিজোকটোনিয়া সোলানি | আলুর কন্দ | কোস্ট্রোমা অঞ্চল, 1 ম ক্ষেত্রের প্রজন্মের আলুর কন্দ, রেড স্কারলেট চাষ করুন |
কোলেটোট্রিচাম কোকোডস 4 | আলু পাতা | খ্যাতি. মারি এল, যোশকার-ওলা |
হেল্মিন্থস্পোরিয়াম সোলানি | আলুর কন্দ | মাগাদান অঞ্চল, পোস্ট। তাঁবু, আলুর কন্দ |
ক্লেডোসোরিয়াম ফুলভিম | টমেটো পাতা | মস্কো অঞ্চল, বড় ফলমূল টমেটো |
অলটারনারিয়া টমেটোফিলা | টমেটো ফল | অল-রাশিয়ান গবেষণা ইনস্টিটিউট অফ প্ল্যান্ট প্রোটেকশন এর মাইকোলজি এবং ফাইটোপ্যাথোলজির ল্যাবরেটরির কর্মীদের দ্বারা হস্তান্তর |
ফুসারিয়াম ভার্টিসিলিয়াম, ফোমপসিসফেসোলি, আল্টনারিয়া আল্টারনেটা, ফেলিনাস ফেরুগিনোভেলুটিনাস, স্টেফিলিয়াম ভ্যাসিকারিয়াম, ক্লাডোস্পরিয়াম ক্লাডোস্পরিওয়েডস, অ্যাক্রডোনটিয়াম লুজুলি, পেনিসিলিয়াম এসপি। | টমেটো ফল | ক্রাসনোদার অঞ্চল, ক্রিমস্কি জেলা, গ্রেড ক্রিম |
ফুসারিয়াম অক্সিস্পরম | গমের মূল | মস্কো অঞ্চল |
পিসিআর একটি ডিটিপ্রাইম অ্যামপ্লিফায়ার (ডিএনএ-প্রযুক্তি) চালিত হয়েছিল। পিসিআর, মূল প্রাইমার এবং গ্লিসারল ট্রাইফসফেট ডিহাইড্রোজেনজ জিনের প্রজাতি-নির্দিষ্ট অঞ্চলের জন্য একটি তদন্ত ব্যবহার করা হয়েছিল: ফরোয়ার্ড প্রাইমার কোক 70 জিডিএফ –টিসিএটিজে্যাট্যাট্যাট্যাট্যাকটিসিটিজিসিসিএ, বিপরীত প্রাইমার কোক 280 জিডিআর - TACTTGAGCATGTAGGCCTGGT1। প্রাইমাররা একটি 213 বিপি অঞ্চল প্রশস্ত করে।
প্রতিক্রিয়াটি মোট ডিএনএর 50 এনজি (পাতাগুলি এবং কন্দ বিশ্লেষণ করার সময়) এবং 10 এনজি (খাঁটি ছত্রাক সংস্কৃতির ডিএনএ বিশ্লেষণ করার সময়) নিয়েছিল। প্রতিক্রিয়া মিশ্রণ (35 μl) একটি প্যারাফিন স্তর দ্বারা দুটি অংশে পৃথক করা হয়েছিল: নীচের এক (20 )l) 2 × প্রতিক্রিয়া বাফারের 10 containedl থাকে (750 এমএম ট্রিস-এইচসিএল, পিএইচ 8.8; 200 এমএম (এনএইচ 4) 2 এসও 4; 25 এমএম এমজিসিএল 2; 0.1% টিউন- 20), প্রতিটি ডিওক্সিনুক্লিয়োটাইড ট্রাইফসফেটের 0.5 মিমি, প্রতিটি প্রাইমারের 7 পিএমোল এবং হাইড্রোলাইজেবল ফ্লুরোসেন্ট প্রোবের 4 পিএমএল; উপরেরটিতে 1 × পিসিআর বাফারের 10 andl এবং টাক পলিমেরেসের 1 ইউ রয়েছে।
প্যারাফিনের সাথে মিশ্রণটি বিচ্ছিন্নকরণটি টিউবগুলিকে দীর্ঘকাল 5 ডিগ্রি সেন্টিগ্রেড তাপমাত্রায় সংরক্ষণ করতে এবং 10 ডিগ্রি সেন্টিগ্রেডের তাপমাত্রায় 80 মিনিটের জন্য গরম করার পরে পিসিআর একটি গরম শুরু প্রদান করে allows নিম্নলিখিত প্রোগ্রাম অনুযায়ী পিসিআর সঞ্চালিত হয়েছিল: 94.0 ° C - 90 s (1 চক্র); 94.0 ° C - 30 s; 64.0 ° C - 15 s (5 চক্র); 94.0 ° C - 10 s; 64.0 ° C - 15 s (45 চক্র); 10.0 ° C - স্টোরেজ।
ফলাফল এবং আলোচনা
গ্লিসারল ট্রাইফোসফেট ডিহাইড্রোজেনজ জিনের অনুক্রমগুলি রাশিয়ার বিভিন্ন অঞ্চলে পাতা, কাণ্ড, আলু কন্দ এবং টমেটো ফল (কুতুজোভা, 45) থেকে বিচ্ছিন্ন 2018 স্ট্রেনে নির্ধারিত হয়েছিল। সমস্ত স্ট্রেনের অধ্যয়নিত অনুক্রম দুটি নিউক্লিওটাইডে পৃথক করে দুটি গ্রুপে বিভক্ত হয়েছিল। KY2 এবং KY496634 সংখ্যার অধীনে উভয় গ্রুপের প্রতিনিধিদের নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সগুলি জেনব্যাঙ্কে জমা আছে।
প্রাইমারস coc70gdf, coc280gdr এবং তাদের ভিত্তিতে নকশাকৃত cocgdz প্রোব BLAST প্রোগ্রামটি ব্যবহার করে পরীক্ষা করা হয়েছিল (www.ncbi.nlm.nih.gov/blast) জেনব্যাঙ্ক ডাটাবেসে উপলব্ধ কোলেটোট্রিচাম এবং অন্যান্য জীবের প্রজাতির গ্লিসারল ট্রাইফসফেট ডিহাইড্রোজেনজ জিনের সমস্ত অনুক্রম অনুসারে।
অন্যান্য প্রাণীর ডিএনএ অঞ্চলগুলি প্রাইমারের জন্য অত্যন্ত সমকামী এবং অনুসন্ধানের মতো খুঁজে পাওয়া যায় নি।
টেস্ট সিস্টেমের সংবেদনশীলতা সি ককোড ডিএনএ, অ্যানথ্রাকনোজ সংক্রামিত আলুর পাতার ডিএনএ (2017 সালে ম্যারি এল, বিভিন্ন ধরণের লাল স্কারলেট মধ্যে সংগৃহীত) এর নমুনাগুলি ব্যবহার করে এবং কালো দাগ দ্বারা আক্রান্ত কন্দের খোসা (কোস্ট্রোমা অঞ্চলে সংগ্রহ করা, বিভিন্ন রেড স্কারলেট, টেবিল 2)। কন্দ এবং আলুর পাতায় ডিএনএর উপস্থিতি নিশ্চিত করার জন্য, সি কোকোড স্ট্রেনগুলি তাদের থেকে বিশুদ্ধ সংস্কৃতিতে বিচ্ছিন্ন করা হয়েছিল।
টেস্ট সিস্টেমের সংবেদনশীলতা বিশ্লেষণের ফলাফলগুলি দেখায় যে এটি পিসিআর মিশ্রণটিতে মোট সামগ্রি 0.05 এনজি থেকে বেশি হয়ে গেলে কোনও নমুনায় সি কোকোডস ডিএনএর উপস্থিতি সফলভাবে নির্ণয় করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। এটি সনাক্তকরণের জন্য এটি যথেষ্ট যথেষ্ট, যেহেতু একটি স্কেরোটেরিয়াতে গড়ে গড়ে, 0.131 এনজি থাকে এবং একটি বীজের মধ্যে প্রায় 0.04 এনজি ডিএনএ থাকে (কুলেন এট আল।, ২০০২)। ইংরাজী গোষ্ঠী দ্বারা বিকাশ করা পরীক্ষা পদ্ধতি (কুলেন এট আল।, ২০০২) একটি অনুরূপ সংবেদনশীলতা দেখায় (প্রান্তিক চক্র ৩৪.০৫ এনজি ডিএনএতে ৩ and এবং ৩.০৫৫ এনজি তে)।
সমস্ত ক্ষেত্রে সি কোকোডযুক্ত প্রাকৃতিক নমুনার বিশ্লেষণের ফলে নমুনায় এটি উপস্থিতি নির্ভরযোগ্যভাবে প্রকাশ করা সম্ভব হয়েছিল (সারণী 2) প্রাকৃতিক উদ্ভিদের নমুনা বিশ্লেষণের জন্য ডিএনএ বিচ্ছিন্নতার জন্য প্রস্তাবিত পদ্ধতিটি প্রযোজ্য ছিল।
সারণী ২ রিয়েল-টাইম পিসিআর-এর জন্য ক্যালোটোট্রিচাম কোকোডস সনাক্তকরণের জন্য প্রস্তাবিত পরীক্ষা পদ্ধতির সংবেদনশীলতা নির্ধারণ
Образец | নমুনা *, এনজি তে ডিএনএর পরিমাণ | প্রান্তিক চক্র | সি। কোকোড সনাক্তকরণ |
---|---|---|---|
মাইসেলিয়াম কোলেটোট্রিচাম কোকোড | 50 | 21.3 | + |
5 | 25.7 | + | |
0.5 | 29,7 | + | |
0.05 | 33.5 | + | |
0.005 | 40 | - | |
0.0005 | 42.8 | - | |
0.00005 | - | ||
কন্দের খোসা ঘ | 50 | 32 | + |
কন্দের খোসা ঘ | 50 | 30 | + |
কন্দের খোসা ঘ | 50 | 31.5 | + |
আলুর পাতা | 50 | 29.5 | + |
বিঃদ্রঃ. * পিসিআর পণ্যের মিশ্রণে।
15 প্রজাতির ছত্রাক থেকে প্রাপ্ত ডিএনএ নমুনাগুলিতে পরীক্ষা ব্যবস্থার স্বাতন্ত্র্য পরীক্ষা করা হয়েছিল। ছত্রাকের সমস্ত স্ট্রেনগুলি প্রভাবিত এবং স্বাস্থ্যকর ফল এবং টমেটো, আলুর কন্দের পাতা থেকে লেখকরা বিচ্ছিন্ন করেছিলেন; এক টানা গমের গোড়া থেকে বিচ্ছিন্ন ছিল (টেবিল 1)। ফলের পৃষ্ঠ থেকে পৃথক পৃথক প্রজাতির মধ্যে এমনও রয়েছে এমন প্রজাতি যা টমেটোর রোগজীবাণু নয় (উদাহরণস্বরূপ, ফেলেনাস ফেরুগিনিভেলুটিনাস)।
গবেষণায় দেখা গেছে যে সি কোকোড ডিএনএ 20-27 এর একটি চৌম্বক চক্র থেকে সনাক্ত করা হয়েছিল, অন্য ছত্রাকের অন্যান্য প্রজাতিগুলি চক্র 40 এর পরে সনাক্ত করা হয়নি বা একটি সংকেত দিয়েছে যা একটি স্বল্প শব্দ প্রভাব (টেবিল 3) হিসাবে দায়ী করা যেতে পারে।
সারণী ৩. বিভিন্ন ধরণের মাশরুমের পরীক্ষা পদ্ধতি পরীক্ষা করা হচ্ছে
মাশরুমের নাম | প্রান্তিক চক্র |
কোলেটোট্রিচাম কোকোড 1 | 20.9 |
সি কোকোডস 2 | 22.6 |
সি কোকোডস 3 | 23 |
সি কোকোডস 4 | 22 |
ফুসারিয়াম অক্সিস্পরম | > 40 |
এফ ভার্টিসিলিয়াম | > 40 |
Rhizoctonia solani | > 40 |
ফোমোপিস ফেজোলি | > 40 |
আলটারনারিয়া আলটারনেটা | > 40 |
উঃ টমেটোফিলা | > 40 |
হেল্মিন্থস্পোরিয়াম সোলানি | > 40 |
ফেলিনুস ফেরুগিনোভেলুটিনাস | > 40 |
স্টেফিলিয়াম ভ্যাসিকারিয়াম | > 40 |
ইলিয়োনেক্ট্রিয়ার ক্র্যাসা | > 40 |
ক্লেডোসোরিয়াম ক্লাডোস্পরিওয়েডস | > 40 |
সি ফুলভাম | > 40 |
অ্যাক্রডোনটিয়াম লুজুলি | > 40 |
পেনিসিলিয়াম SP। | > 40 |
বিঃদ্রঃ. * সমস্ত নমুনায় ডিএনএর পরিমাণ ছিল 10 এনজি।
টমেটো পাতার নমুনায় সি সি কোকোডগুলি সনাক্ত করার লক্ষ্যে লক্ষণীয় লক্ষণ ছাড়াই নেক্রোট্রফিক প্যাথোজেন এবং বীজ আলুর কন্দগুলির লক্ষণ সহ উন্নত পরীক্ষার ব্যবস্থা ব্যবহার করা হয়েছিল। গবেষণার জন্য, আমরা কোস্ট্রোমা, মস্কো, কালুগা, নিজনি নভগোড়োদ অঞ্চলে জন্মানো বিভিন্ন জাতের বীজ কন্দ নিয়েছি। নমুনাগুলিতে সি কোকোড ডিএনএর উপস্থিতি উল্লেখযোগ্য বলে বিবেচিত হয়েছিল, বিশ্লেষণে প্রান্তিক চক্রটি 35 এর বেশি ছিল না। এই প্রান্তিক মানটি 0.05 এনজি সি এর কোকোড ডিএনএ (প্রান্তিক চক্র 33.5, সারণী 2) এর নির্ভরযোগ্য দৃ determination়তার ভিত্তিতে এবং এই সত্যটি নির্বাচিত হয়েছিল ৪০ এর উপরে প্রান্তিক চক্রগুলিতে, কিছু অন্যান্য ছত্রাকের প্রজাতির অনাদায়ী ডিএনএ সনাক্ত করা হয়েছিল। এই পদ্ধতির সাথে, সি কোকোডস ডিএনএর উল্লেখযোগ্য উপস্থিতি কোস্ট্রোমা, মস্কো, কালুগা অঞ্চলে এবং ক্রাসনোদার অঞ্চলের ইয়েস্ক জেলা থেকে এক টমেটো পাতায় জন্মে টিস্যুর 40 টি নমুনায় সনাক্ত হয়েছিল (টেবিল 5, 4)।
সারণী ৪. আলুর কন্দগুলিতে কোলেটোত্রিকাম কোকোড সনাক্তকরণ *
নমুনা নম্বর | আলু বিভিন্ন | বাড়ার জায়গা | সি। কোকোড সনাক্তকরণ | প্রান্তিক চক্র |
---|---|---|---|---|
1 | লাল স্কারলেট | কোস্ট্রোমা অঞ্চল | + | 35 |
2 | + | 35 | ||
3 | - | 38 | ||
4 | সান্তে | মস্কো অঞ্চল | + | 34 |
5 | - | |||
6 | - | 41 | ||
7 | - | 41.8 | ||
8 | + | 30 | ||
9 | ঝুকভস্কি তাড়াতাড়ি | মস্কো অঞ্চল | - | 40.5 |
10 | - | 40.6 | ||
11 | - | |||
12 | মলি | কালুগা অঞ্চল | + | 34.3 |
13 | - | 38.4 | ||
14 | কল্পনা | কালুগা অঞ্চল | - | |
15 | আনুষ্ঠানিক | নিজনি নোভগ্রোড অঞ্চল | - | |
16 | - |
বিঃদ্রঃ. * সমস্ত নমুনায় ডিএনএর পরিমাণ ছিল 50 এনজি।
টেবিল 5. টমেটো পাতায় কোলেটোট্রিচাম কোকোড সনাক্তকরণ *
নমুনা নম্বর | বাড়ার জায়গা | সি। কোকোড সনাক্তকরণ | প্রান্তিক চক্র |
---|---|---|---|
1 | ক্রাসনোদার অঞ্চল, ক্রিমিয়ান জেলা | - | |
2 | - | ||
3 | - | ||
4 | - | 45 | |
5 | - | ||
6 | - | ||
7 | - | ||
8 | - | ||
9 | ক্রস্নোদার অঞ্চল, ইয়েস্ক জেলা | - | 39.2 |
10 | - | 40.8 | |
11 | - | ||
12 | - | 41.6 | |
13 | - | 40 | |
14 | - | 41 | |
15 | - | 41.9 | |
16 | - | ||
17 | - | ||
18 | - | 40.3 | |
19 | - | ||
20 | - | ||
21 | + | 34.5 | |
22 | - | ||
23 | - |
* সমস্ত নমুনায় ডিএনএর পরিমাণ ছিল 50 এনজি।
আমাদের দ্বারা নির্মিত পরীক্ষা ব্যবস্থা সংবেদনশীলতা এবং নির্দিষ্টতার মধ্যে ব্রিটিশ গবেষক (কুলেন এট আল।, ২০০২) দ্বারা বিকাশিত নিকৃষ্ট নয় এবং উদ্ভিদের নমুনা বিশ্লেষণের জন্য উপযুক্ত। বীজ কন্দ বিশ্লেষণের জন্য এটির প্রয়োগের ফলে সি এর কোকোড ডিএনএর ক্ষয়ক্ষতির বাহ্যিক চিহ্ন ছাড়াই শনাক্তকরণ এবং পাতার সংক্রমণ সফলভাবে বিশ্লেষণ করা সম্ভব হয়েছিল।
আজ অবধি, রাশিয়ায় সি কোকোডের আক্রমণে আলুর কন্দের কোনও বিশ্লেষণ করা হয়নি। আমাদের প্রথম সমীক্ষায় দেখা গেছে যে রাশিয়ান ফেডারেশনের বিভিন্ন অঞ্চলে জন্মে 16 টি পরীক্ষিত বীজ কন্দগুলির মধ্যে 5 টিতে সি কোকোড রয়েছে। এটি দেখায় যে আলুর কন্দের কালো দাগটি রাশিয়ার একটি সাধারণ আলু রোগ এবং আলু ফসলের পরিমাণ এবং গুণমান হ্রাসে এর ভূমিকা কম দেওয়া হয় না।
টমেটো পাতার বিশ্লেষণে ক্রস্নোদার টেরিটরির ইয়েস্ক জেলা থেকে একটি পাতায় সি কোকোড ডিএনএর উল্লেখযোগ্য উপস্থিতি প্রকাশিত হয়েছিল। এর আগে, ব্রিটিশ টেস্ট সিস্টেম (কুলেন এট আল।, ২০০২) ব্যবহার করে দক্ষিণ রাশিয়ার টমেটো ক্ষেত্রগুলি পরীক্ষা করার সময়, সি কোকোডযুক্ত পাতাগুলি পাওয়া গিয়েছিল এবং কয়েকটি ক্ষেত্রগুলিতে সি কোকোডে আক্রান্ত পাতার একটি উচ্চ অনুপাত পাওয়া গিয়েছিল (বেলভ এট আল।) 2002)। মস্কো অঞ্চল ক্রাসনোদর এবং প্রিমারস্কি অঞ্চলগুলিতে আমরা টমেটো ফল পেয়েছি, সেখান থেকে আমরা সি কোকোডের খাঁটি সংস্কৃতি আলাদা করতে সক্ষম হয়েছি। এটা সম্ভব যে সি কোকোডগুলি এখন বিশ্বাস করা রাশিয়ার টমেটোতে অনেক বেশি বিস্তৃত এবং এর ক্ষতিকারকতাও হ্রাস করা হয় না e
সুতরাং, আজ অবধি, আলু এবং টমেটোতে সি কোকোডের বিস্তৃত বিতরণ সম্পর্কে পর্যাপ্ত তথ্য সংগ্রহ করা হয়েছে।
আলু এবং টমেটো রোগের বিকাশে এই ছত্রাকের ভূমিকা আরও ভালভাবে বুঝতে, এটি রাশিয়ায় এর প্রসার পর্যবেক্ষণ করা, মাটি এবং বীজ সংক্রমণের ভূমিকা এবং স্টোরেজ চলাকালীন ক্ষয়ক্ষেত্রের কালো দাগের ভূমিকা অধ্যয়ন করা প্রয়োজন। পিসিআর ডায়াগনস্টিকের ব্যবহার এই কাজটিকে উল্লেখযোগ্যভাবে সুবিধাজনক করতে পারে এবং উভয় পরীক্ষার সিস্টেমের একযোগে ব্যবহার বিশ্লেষণের নির্ভুলতা উল্লেখযোগ্যভাবে বাড়িয়ে তুলবে।
এই কাজটি রাশিয়ান বিজ্ঞান ফাউন্ডেশন নং 18-76-00009 এর অনুদান দ্বারা সমর্থিত ছিল।
নিবন্ধটি "মাইকোলজি এবং ফাইটোপ্যাথোলজি" জার্নালে প্রকাশিত হয়েছিল (খণ্ড 54, নং 1, 2020)।